第一个创新是统筹了封关运作管控和船舶运输来往自由便利的双重需要。《办法》聚焦服务封关运作需要，明确了非设关地锚地、停泊区的划定、公布和管理的要求；兼顾了船舶航行国际化、便利化等需要，提出了船舶运输来往便利措施，简化了固定航线和固定水域船舶的报告管理要求。

一是明确沿海市县(自治县)人民政府建立完善船舶通航管理协调联动治理机制，划定港口公用锚地、非设关地锚地、船舶停泊区；

对于《办法》出台对促进封关运作有何作用的记者提问，中共海南省委深改办(自贸港工委办)三处处长叶占波从两个方面进行了答复称：

从封关运作总体部署看，此次发布的《办法》就是封关运作重要制度设计任务，它的出台标志着我们在封关运作制度设计方面迈出了坚实一步，有利于促进海南自由贸易港建设在法治轨道上行稳致远；

pp球王会海南海事局党组成员、副局长、一级巡视员吴平生介绍，《海南自由贸易港建设总体方案》明确，海南将在2025年前适时启动封关运作，实行“一线”放开、“二线”管住、岛内自由的管理模式。

随着海南经济社会快速发展和海南自由贸易港建设深入推进，海上活动日益增加，船舶数量不断增多，特别是海上防控面大、目标监控难度大，届时封关运作的压力和风险并存，在此种背景之下，加强进出海南自由贸易港船舶的通航管理，尤其是海南自由贸易港与内地之间来往船舶的管理就显得极为重要。鉴于以上情况，海南省和交通运输部将《办法》列入各自的重点工作任务，具体由海南海事局牵头制定。

​吴平生表示，下一步，海南海事局将按照《办法》的规定要求，加强与相关单位的衔接配合，规范船舶通航秩序，提升船舶通航效率，助力建设高水平中国特色自由贸易港。

第二个创新是促进了海上交通安全和预防船舶走私的协同管控。《办法》结合防控走私风险等需要，细化了船舶在海南自由贸易港航行、停泊、作业的管理要求，规范了船舶航行、停泊、作业或者装卸货物等行为，完善了船舶通航全过程管理，筑牢了防控海上风险的“防火墙”。

二是明确农业农村、旅游文化、交通运输、海关、海警、公安、出入境边防检查等有关部门加强管理协作、信息共享、联防联控，保障船舶航行安全，提升船舶通航效率，防控船舶走私风险；

在海南省人民政府和交通运输部的领导下，在交通运输部海事局的指导下，海南海事局依据《海南自由贸易港法》《海上交通安全法》《海关法》《海南省反走私暂行条例》等法律法规，结合《海南自由贸易港建设总体方案》要求和海南省实际，在广泛调研和全面梳理的基础上，对标国内外船舶通航管理先进做法，经过深入研究、反复研讨、广泛征求意见，最终形成了《办法》(送审稿)并报请海南省人民政府审议。《办法》经八届海南省政府第24次常务会议审议通过，由海南省人民政府办公厅发布，于4月1日起正式施行。